Nejvyšší správní soud (NSS) se v poslední době zabýval hned několikrát problematikou odpočtu nákladů na výzkum a vývoj (VaV). Pokaždé však nepřímo zdůraznil, že odpočet na VaV je výjimečné daňové zvýhodnění, a proto je třeba přesně doložit oprávněnost nákladů.

Zejména nelze podceňovat formální požadavky na vedení příslušné dokumentace a evidenci nákladů. Nedostatky v této oblasti rozhodně nelze obhájit tím, že se jedná o „pouhé“ administrativní pochybení. V jednom z posuzovaných případů neměl poplatník správně přiřazeny náklady na mzdy a materiál k příslušným projektům VaV (např. týkaly se projektů ukončených již v přechozím zdaňovacím období). Ačkoli se mohlo jednat o zřejmé chyby při tvorbě záznamu, uvedené nedostatky vedly v kontextu celého případu k doměření daně, přičemž NSS tento postup správce daně potvrdil.

V dalším případu bylo otázkou, zda se poplatníkovi podařilo oddělit vynaložené náklady na vlastní zaměstnance a na přijaté služby (které obvykle nelze do odpočtu zahrnout). V daném případě poplatník nedokázal na základě vedené evidence prokázat, že projekt vytvářel vlastními silami v deklarovaném rozsahu. Smlouvy mezi poplatníkem a dodavatelem, jakož i zápisy z jednání, nasvědčovaly totiž tomu, že hlavní práce na vývoji prováděl právě externí dodavatel. Důkazy předložené žalobkyní, jako byly zdrojové kódy nebo znalecké posudky, neprokázaly, že výzkum a vývoj probíhaly interně. NSS postup správce daně rovněž potvrdil.

Odpočet na VaV je v hledáčku správce daně již mnoho let a nelze očekávat, že by se jeho přístup do budoucna výrazněji měnil.